脑炎是由于各种病原微生物感染，引起脑实质的炎型损伤包括脑组织坏死，常见的病原体有病毒、霉菌、细菌。主要通过呼吸道、消化道、蚊虫叮咬、接触传染的。
例如乙型脑炎病毒是通过蚊虫叮咬感染人类的;柯萨基病毒和EV71是通过消化道和接触感染后引起手足口病。同时可以引起严重致命性的脑炎;结核性脑炎是通过呼吸道感染引起肺结核或淋巴结结核，然后转移到脑组织，引起结核性脑炎。