巧克力囊肿可以做抽液，指的是巧克力囊肿穿刺抽液术，是指用探针经阴道或腹部直接探入囊肿内部，抽出囊内液体，再注入药物，破坏分泌旺盛的柱状细胞，使囊壁硬化，从而慢慢脱落，来治疗巧克力囊肿的一种方式。
这是一种不完全切除病灶的保守方式，手术时间短，不用住院，恢复快，费用低，但是囊肿脱落需要3个月左右的时间。