囊肿单纯采取药物进行控制效果是不明显的，及时采取手术治疗，手术可以采取腹腔镜微创手术治疗。囊肿大于5CM就需要手术治疗的，囊肿是会在一定的程度上影响生育和月经的，会降低受孕机会，即使怀孕后也容易引起流产或早产，现在还未结婚未育的情况下，尽早做囊肿剔除术。
一般对以后的生育及内分泌没有影响的，只是做囊肿剔除，不需要切除卵巢，所以卵巢的功能是还在的，不影响激素的分泌和调节。