包括：失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统损害。痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、易激惹、兴奋、多动等精神状态及认知功能异常。
震颤、流涎等自主神经功能障碍。细菌性脑膜炎后遗症主要包括：意识障碍、双侧听力丧失、运动障碍、癫痫、视力障碍、脑积水；
比较轻的后遗症有：行为问题、学习困难、单侧听力丧失、肌张力降低、复视等。