前列腺囊肿的病因是先天性和后天性的。先天性因素是在胚胎发育过程中，前列腺腺腺管狭窄，造成阻塞，导致前列腺囊肿。后天因素主要是不良的生活习惯和饮食习惯、频繁的性生活、自慰、缺乏对下半身卫生的关注以及喜欢吃油腻辛辣的食物。
这些很容易导致前列腺囊肿的出现。不良的生活习惯是导致前列腺囊肿的主要原因，包括过度频繁的性行为；经常用手来解决性冲动，因为这很容易使前列腺充血。