男性性功能检测除一般全身查体外，还应重点检查外生殖器的发育情况，如阴茎、睾丸的大小，有无畸形，阴茎海绵体有无结节，尿道口有无狭窄、睾丸及附睾大小，有无触压痛，有无结节等。
体型的发育，毛发分布，男性第二性征情况等。男性性功能障碍的辅助检查包括性激素六项检查、阴茎海绵体造影、前列腺及睾丸的超声检查，精液常规检查等多个方面。