诊断子宫内膜异位症的方法是B超检查，可确定卵巢子宫内膜异位症囊肿的位置、大小、性状。妇科检查，子宫多后倾固定、子宫一侧或双侧附件出扪及与子宫相连的不活动囊块，有压痛，子宫骶骨韧带、子宫后壁或陷凹处有米粒至蚕豆大小不规则的结节。
触痛明显，如阴道直肠隔受累，可于阴道后穹窿部触及甚至看到突出的紫蓝色结节。腹腔镜检查，是目前诊断子宫内膜异位症的方法。