卵巢巧克力囊肿疾病本质属于卵巢子宫内膜异位症。每个月，随着卵巢雌孕激素周期性改变，子宫内膜发生周期性增生剥脱出血，卵巢内异位的内膜也会增生剥脱出血，从而在卵巢内形成巧克力样的淤血。
但是，子宫内膜异位症最终确诊的金标准是腹腔镜病理检查。偶尔有可能卵巢内部的出血是卵巢黄体囊肿内部出血形成，黄体囊肿是生理性的，一般三个月以后复查彩超，黄体囊肿会缩小或者消失，巧克力囊肿却肯定会增大。