对于肛瘘的原因，绝大多数肛瘘是由于第一次肛周脓肿，肛周脓肿成熟，自行破裂或手术切开引流，形成一个外口，于外口的快速生长，脓肿往往是假性愈合，导致脓肿反复破裂或手术切开，形成多个瘘和外口，使简单的肛瘘成为复杂的肛瘘。
此外，肛瘘也可由特定的肠道炎症引起，如结肠炎、克罗恩病、恶性肿瘤、肛管外伤感染等，但较少见。