假如囊肿直径小于五厘米，又无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，2-3个月检查一次，以后调查间隔时间，若直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，就一般需手术治疗了。
若同时还同时有进行性加重的痛经及性交痛，盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症，可采取不同的治疗。这个的治疗主要以调理为主，因为囊肿也不是很大，不用手术治疗就可以恢复的。
得卵巢囊肿的原因有相当多。