巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症的一个常见的表现，巧克力囊肿与周围盆腔组织的粘连可以导致输卵管变硬僵直，影响输卵管的蠕动，或卵巢与输卵管伞部隔离，从而影响卵母细胞的捡拾和受精卵的运输，严重者可以导致输卵管的阻塞，如果卵巢周围的严重黏连，或者卵巢子宫内膜异位症囊肿破坏正常的卵巢组织，可妨碍卵子的排出。
建议可以行腹腔镜的检查，在检查的同时可以完成盆腔的粘连分离，去除异位的病灶。