神经官能症症状复杂多样。常见为头痛，头晕，记忆力障碍，抑郁，焦虑，失眠，多梦，易疲劳等。其症状的出现与变化和精神神经因素有关。
心脏神经官能症可以表现为胸闷、心悸、气短、胸痛、心前区不适、出汗频死感等。胃肠神经官能症可以出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐、纳差、厌食、腹胀、肠鸣、便秘等。
情绪症状可以有烦躁、易怒、心情紧张等。