肛瘘是由于肛隐窝感染引起。形成肛隐窝炎，这种炎症如果未加控制，则会沿着肛腺的腺管向里面感染，导致中央间隙脓肿，随着脓液越来越多，脓腔内压力越来越大，脓腔内的脓液就会往某个薄弱的地方突破。
如果它向上穿透了肛提肌，脓液就会进入骨盆直肠窝中，形成高位脓肿。同样的道理，脓液可能同时往多个方向突破，这样就会形成多根瘘管出来，从而演变成多瘘管的复杂性肛瘘。