巧克力囊肿治疗分为开腹手术和微创腹腔镜手术治疗，药物治疗效果较差。这种新兴的高科技医疗手段，利用电子成像技术，通过腹腔镜和高科技的手术器械可以进行一些原本必须开放的手术可以进行妇科手术。
微创内镜手术除剖宫产外，几乎可以治疗妇科手术，创伤小，出血少，疼痛少，恢复快，住院时间短，术后腹壁光滑如初。