脑炎有很多不同原因导致，有的能够自行缓解，有的可能会遗留后遗症，严重可能导致死亡。主要与发病轻重，是否及时就医治疗等因素有关，如果治疗及时，一般不会遗留后遗症。
常见的后遗症有智力低下，不能言语，吞咽障碍及肢体活动障碍，学习困难等。出现后遗症后应当及时进行康复功能训练，经过系统康复训练后，能显著改善后遗症。