碘131治疗甲状腺机能亢进有很大的副作用。首先，在使用碘-131治疗很快就会出现甲状腺功能减退，一些会成为终身甲状腺功能减退，需要每天服用甲状腺制剂。
这将对身体的健康产生影响。此外，通过碘-131治疗，主要是破坏甲状腺细胞进行治疗，但在进食这种治疗后，会导致症状短期加重，严重，甚至导致心衰加重，眼睛肿胀等情况出现。