脑炎可以留有不同程度的后遗症，主要有失语，病情比较轻的可以出现发音功能下降；肢体瘫痪，根据脑实质损伤部位的不同，肢体瘫痪的程度和部位也是有所差异的；
意识障碍以及神经失常，病人可以出现类似于精神疾病的表现，抑郁、躁狂或者是思维混乱等；痴呆症，病人表现为智力下降的一些情况；
部分病例可能出现癫痫后遗症。