早期病变为非特异性炎性反应，主要为中性粒细胞和淋巴细胞浸润，并可找到病菌。典型的组织病变在损害较成熟时才能见到，表皮肥厚或萎缩均为继发性，各型皮肤结核病的病变稍有不同，局限型一般为结核性肉芽肿改变，由上皮样细胞和多核巨细胞组成，中心可有干酪样坏死，外周绕以淋巴细胞浸润，组织中可查见病菌。
在疣状皮肤结核中，表皮的继发性变化明显，如有角化过度和乳头瘤样改变。