胚胎停育的原因有生殖内分泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，雌激素，孕激素，绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就会造成胚胎的停育。
生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育，子宫的问题，如果是子宫的内环境不好，或者是畸形也不会发育，染色体的问题。