巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症，因为里面含有长期淤积的血液积成棕色像糊状和巧克力一样，子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能和女性之前不正常的妊娠行为，比如，流产，宫外孕等导致。
也可能是精血倒流等因素导致的。巧克力囊肿可能导致月经不调，严重的话可能在一定程度上影响痛经和不孕，因此，需要及时到正规医院接受对症处理。