肛瘘高位可以选择手术治疗，常用的手术方法有切开挂线引流手术，主要用于克隆氏病所引起的肛瘘，这种手术对括约肌的损害比较大。
全括约肌保留手术，包括瘘管切除推移瓣手术，瘘管结扎术，这样的手术方式可以降低术后对肛门功能的损害程度，现做为高位肛瘘的首选治疗方法。
高位肛瘘要及时的治疗，才能避免发生了一些并发症。