卵巢囊肿的病理类型较多，少部分囊肿为生理性的卵巢黄体囊肿，黄体囊肿在月经后会消失。在月经中期，卵巢黄体受升高的雌孕激素影响不断增大，而形成黄体囊肿。
月经来潮时雌孕激素水平降低，黄体萎缩而使黄体囊肿消失。其他类型的囊肿均为病理性囊肿，不会自行消失。发现卵巢囊肿后，小于5cm的囊肿可以观察1～2月，月经后消失的则为黄体囊肿，持续存在或继续增大的囊肿需要手术治疗。