巧克力囊肿必须手术，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜在宫腔内，随着卵巢分泌功能影响，而呈周期性的增生、分泌、脱落，形成月经，而移位到卵巢内的子宫内膜，它也受卵巢分泌功能影响，而呈周期性的增生分泌，但脱落脱落不下来，所以形成了巧克力囊肿。
治疗方法只能是手术药物治疗，药物治疗除非用药绝经，不然没有其他好办法，只能手术。