绝大部分卵巢囊肿的病人没有出现疼痛的情况，但如果是卵巢巧克力囊肿，会随着月经周期的变化，在来月经的时候出现疼痛症状。
由于子宫内膜异位症而引起周围组织粘连，临床上也会有疼痛的症状。另外，如果是卵巢囊肿，由于重力的关系出现蒂扭转，常常会表现为急腹症，比如突然出现下腹部剧烈的疼痛，并且伴有恶心、呕吐等临床症状，需要做急诊手术进行治疗。