首先医生会通过询问病史、症状以及查体等，初步诊断消化性溃疡，然后进一步通过胃镜和活检明确诊断；对病因的诊断是诊断消化性溃疡的关键，一般通过呼气试验、粪便的抗原以及聚合酶链式反应检测等来培养和鉴定幽门螺杆菌；
诊断的金标准是胃镜和活检，对于一些非特异性的症状，诊断时需要通过胃镜进行排查，X线钡餐检查也可以用于诊断消化性溃疡；
消化性溃疡需要同胃癌、胆囊疾病、胆道感染以及胰腺疾病等做鉴别诊断。