手术或外伤，在高位复杂性肛瘘手术中造成肛管直肠环损伤，因外伤破坏了肛门直肠环及肛门括约肌群得完整性造成的肛门括约肌完全或不完全的功能消失。
妇女生育时的会阴撕裂伤使肛门前侧括约肌完全断裂造成肛门失禁。肛管直肠环、肛门括约肌和肛提肌等损伤，大多数是由于肛门直肠手术引起。
肛门神经损伤，中枢神经疾病。都会导致肛门失禁。