直肠炎的治疗主要包括两方面：修复肠道黏膜和缓解临床症状。在治疗上需要使用一些药物来修复肠道黏膜。如果腹泻比较严重，或者在腹泻的过程中，还有解血便的情况，可以用控制直肠炎症的药物。
肛管炎可以局部对症药物治疗，灌肠后保持直立状态让药物直接作用于肛门，效果会好一些，同时避免辛辣刺激性食物，要调整好大便，大便过干或者大便次数过多，大便不成形都会加重症状。