如果是生理性的黄体囊肿，那么通常是不会影响怀孕，因为在月经干净以后囊肿就自然消失。如果是炎症引起的卵巢炎性囊肿，长期的炎症刺激，就可能会导致输卵管的粘连，而引起输卵管的堵塞，所以这时候就是会影响怀孕，而且很可能会导致宫外孕。
如果是子宫内膜异位，到卵巢上形成的卵巢巧克力囊肿，一般也会影响怀孕，而且常常是导致不孕。