肛周脓肿会疼痛，肛周脓肿常位于肛管后方或侧方皮下部，不大。疼痛，肿胀和局部压痛为主要表现。疼痛为波动性，坐下，咳嗽或排便时加重，病变处明显红肿，有硬结和压痛，脓肿形成时可有波动感。
穿刺时抽出脓液，全身感染性症状不明显。有的脓肿位于坐骨肛管周围间隙，发病时患侧出现持续性胀痛，逐渐加重，继而为持续性跳痛，坐立不安，排便或行走时疼痛加剧，可有排尿困难和里急后重。
全身感染症状明显。