腹腔灌注化疗难免会发生毒副作用，一方面毒副作用就是由于化疗药物所带来的副作用譬如发热、刺激、疼痛。化疗药物本身具有的胃肠反应、骨髓抑制，即白细胞降低、血小板降低、贫血、免疫力下降等。
另外就是给药的方式，因为是在腹腔给药的形式，把药物存积在腹腔内，会对腹腔内的腹膜有一定的刺激作用，会产生疼痛等。