肛瘘辩证分型主要分为以下三型：湿热下注型，肛周会经常流脓液，质地稠厚，肛门胀痛，局部灼热，肛周有溃口。正虚邪恋型，肛周流脓液，质地稀，薄肛门隐隐作痛，皮肤暗淡，瘘口时溃时愈，肛周有溃口，按之比较硬，或者有脓液从溃口流出。
阴液亏虚型，肛周溃口外口凹陷，瘘道前行局部长没有硬索状物，脓出稀薄，可以伴有潮热，盗汗，心烦，口干，经常是见于结核性肛瘘。