药物流产容易造成流产不全，影响子宫收缩和子宫内膜创面的修复，使阴道流血量明显增多，严重的还可能出现大出血，导致贫血和休克。
药物流产也容易引发妇科炎症，如果出血的时间过长，阴道内的细菌往往会大量繁殖，而出现逆行的情况，从而引发子宫内膜炎和盆腔炎。
频繁的药物流产，也容易影响今后的生育，频繁的流产可能会造成子宫内膜反复受损，一旦需要正常妊娠，会发生前置胎盘，引发产前大出血。