巧克力囊肿往往是在做超声的时候发现的，当病人有痛经的时候会到医院来做检查，做超声的时候就会发现卵巢内有不均质的回声，它跟正常排卵的生理性囊肿是不一样的，所以就会诊断是巧克力囊肿。
这时候会有痛经，盆腔某侧有隐痛，以及会有不孕不育的症状，所以巧克力囊肿在临床上是通过症状和妇产科医生通过双合诊摸出卵巢增大，以及做超声来做诊断的，同时在检测CA125的时候也会发现它有升高。