目前子宫内膜异位症的病因尚不明确，经血逆流学说被普遍认可。月经血可通过输卵管逆流到盆腔，月经血里带有碎片状的有活性的子宫内膜，盆腔内有活性的子宫内膜随着卵巢周期性激素改变，出现点状出血，长期出血沉积导致盆腔形成结节即为子宫内膜异位症。
此外，多次人工流产、子宫输卵管通液等医源性因素可能导致子宫内膜异位症发生。