膀胱癌灌注化疗副作用主要是刺激泌尿系统，尿路感染伴肉眼血尿。化疗药物代谢产物刺激膀胱黏膜，很可能会将膀胱黏膜灼伤引起严重的化学性膀胱炎，出现尿频、尿急、尿痛和血尿等症状，严重的可使膀胱粘膜固有层和肌肉纤维化变导致膀胱挛缩和膀胱输尿管回流。
一般需要1～2周时间才能恢复正常，影响灌注化疗的连续性。