子宫内膜异位到卵巢，一般是会形成卵巢巧克力囊肿，治疗只能是选择手术，术后要用药防止内膜异位再次复发，一般是连用三个月经周期。
如果子宫内膜异位到子宫肌层，就形成了子宫腺肌症。子宫腺肌症的治疗没有什么特好的方法，如果年龄比较大，痛经并且呈逐渐加重的趋势，疼痛难以忍受，没有生育要求，可以做子宫的切除手术。