月经期间头痛肚子痛可能是生理原因引起的，在女生来月经的前后，雌激素会下降，血管张力变化会导致头疼，也有些是因为失血过多，血虚而引起的，在月经期间，进食少，体内缺乏水分及盐分，导致手脚无力，颅内压下降，引起头疼。
如果在月经期间经常头疼，很可能是因为精神压力，长期紧张，心理压力大，睡眠不足，或者睡眠时间不规律，这些都会引起经期头疼和肚子疼。