核磁共振应用越来越广泛，颅脑核磁的针对中枢神经系的病变进行诊断。先天性脑血管畸形，颅内动脉瘤，脑出血，蛛网膜下腔出血，脑梗死，脑脓肿，脑萎缩，淋巴瘤，颅内肿瘤等病变。
对于头颅CT不能辨别的后颅窝病变，起到决定性的作用，能明确脑干，小脑是否存在病变，消除颅骨的伪影，清晰的明确病变部位和性质。