治疗肛门疣的费用大约在是在500元~1500元左右。根据医院的级别，治疗方式，疣体大小以及面积，收费也是有所差异的。
去正规的公立医院，操作正规，收费都不会很高。体质较弱，容易反复发作的，治疗费用会高一些。单个较小的疣体可以外擦去疣药膏，多吃高蛋白的食物，增加抵抗力。
疣体多，面积宽的，采用冷冻或电灼，费用会高些。