巧克力囊肿是指子宫内膜异位到了卵巢上面，形成卵巢子宫内膜异位的病灶。每个月卵巢部位异位的子宫内膜也产生增生，脱落，出血，但是因为卵巢没有通向阴道的出口，所以脱落的内膜以及血液不能排出体外，所以随着时间的延长积血越积越多，卵巢巧克力囊肿形成并且巧克力囊肿会越来越大。
对于巧囊直径大于五厘米，手术治疗。