谷氨酰转肽酶由肝细胞线粒体产生，其持续偏低的情况并不多见，大多是因为慢性肝病、特别是肝硬化较重，提示预后较差。临床上比较多见的情况是谷氨酰转肽酶偏高，在轻度慢性肝病及肝硬化代偿期阶段、谷氨酰转酞酶大多正常，当发展为重度慢性肝病及肝硬化失代偿期时、谷氨酰转酞酶可以长期持续升高。
而且谷氨酰转肽酶与肝癌的大小和范围也有密切关系。