单纯性卵巢囊肿可能造成不孕。卵巢发生囊肿，则病变部分失去了使卵子发育、成熟及排出的功能，导致不孕。某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，可产生某些相应激素，干扰卵巢激素的正常分泌和排卵，出现不孕。
怀孕早期患上卵巢囊肿的女性病人容易流产，等到囊肿变大后，还会有难产的可能。卵巢囊肿较大者或患双侧囊肿者患不孕症的比例较高。