巧克力囊肿腹腔镜手术的女性病人，病人在术前还要做麻醉处理，一般麻醉方式有两种，即全麻和半麻，但多以半麻为主。在术中，医生需要在女性的腹腔上部开两个洞口，这两个洞口是为了方便仪器伸入去切除囊肿的。
当囊肿被切除后，一般都会将其搅碎，然后顺着阴道排出体外。当囊肿被排出体外后，医生再将女性的腹部洞口缝合即可。