根据感染的部位和类型，治疗是不同的。长在外阴、阴道、肛周的HPV低危型的病毒，可以观察，不用治疗，宫颈HPV低危型的病毒也可以观察，不用治疗。
但是高危型宫颈HPV感染需要定期复查，感染16型、18型，可以直接阴道镜检查，观察有没有癌变，也可以采取更积极的治疗办法，如微波治疗、光动力治疗、局部封闭或者是涂药治疗等。