多囊不排卵和卵巢囊肿的区别是显而易见的。多囊不排卵多发生于生育年龄的妇女，通常表现为月经失调，月经稀少，甚至于发生闭经的现象，多囊卵巢常有排卵障碍，很多有不孕的表现，50%的还有肥胖症趋势，而卵巢囊肿多发生于一侧卵巢，而且是单法，通常无明显的临床症状，除非囊肿过大可以造成压迫现象。
个别人可能会有内分泌的改变，以及月经的不规律。