手术治疗包括腹腔镜手术治疗、开腹手术治疗两种。开腹的手术治疗包括开腹卵巢巧克力囊肿剥除术、开腹患侧附件切除术。腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢巧克力囊肿剥除术、腹腔镜患侧的附件切除术。
对于卵巢的巧克力囊肿，有生育要求，并且年轻的女性，一般选择开腹或腹腔镜的巧克力囊肿剥除术。对于没有生育要求或者绝经后的女性，可以考虑患侧附件的切除手术等。