巧克力囊肿形成原因主要是子宫内膜异位症，内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿，子宫内膜在子宫腔内受卵巢分泌功能影响，而呈增生分泌脱落，形成月经。
子宫内膜移位到卵巢内，卵巢内的内膜受卵巢分泌功能影响，也会呈增生分泌脱落，但在卵巢位置的内膜脱落不出来在卵巢内，时间长了形成巧克力样的囊肿，所以形成了巧克力囊肿。
是由于子宫内膜移位到卵巢所致。