亚临床甲减的病因与典型甲减相同，其中桥本甲状腺炎占50%左右。甲亢经抗甲状腺药物、手术或放射性同位素治疗是亚临床甲减的第二类常见原因。
甲状腺激素治疗临床甲减剂量不足时，病人也会出现亚临床甲减的特点。许多药物如锂剂、碘或含碘制剂及磺胺类等均可导致本病。
另外，其他自身免疫性疾病如1型糖尿病和白癜风等常常伴发亚临床甲减。