巧克力囊肿吃中药一般不能完全治好。通过吃中药可以缓解痛经的症状，可以在一定程度上控制巧克力囊肿的增长速度。如果吃中药想治好巧克力囊肿，不太可能。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢而形成的，一般选择手术治疗。对于有生育要求的女性，可以选择患侧的卵巢巧克力囊肿剥除手术。
如果没有生育要求的女性，可以选择患侧的附件切除的手术治疗。手术之后的病人可以采用GnRh-a治疗，预防卵巢巧克力囊肿的复发等。