前列腺囊肿如果体积很小，而且不引起病人任何症状，那么不需要进行特殊治疗，也没有任何药物可以使囊肿消除。如果囊肿较大，引起排尿或者射精不适，那么可以去泌尿外科就诊，进行前列腺囊肿电切手术，可以取得较好的治疗效果。
如果是位于直肠附近，那么可以进行经直肠的囊肿穿刺。病人术后还需要去泌尿外科定期复查，防止囊肿复发。